O NRP Setúbal tem por objetivo contribuir para o dispositivo naval nos Açores, desenvolvendo tarefas específicas no âmbito da busca e salvamento marítimo, da monitorização e controlo da pesca e da navegação, da prevenção e combate à poluição marinha e na prevenção e combate a atividades ilegais, como o narcotráfico.
Para além das tarefas acima referidas, o navio poderá ser empregue em operações militares e está capacitado para dar apoio humanitário na sequência de desastre naturais, tendo um importante papel no apoio à estrutura da Proteção Civil dos Açores.
O NRP Setúbal é o quarto navio da classe Viana do Castelo e o mais recente navio da Marinha, sendo esta a segunda missão do navio na Zona Marítima dos Açores.
O NRP Setúbal é comandado pelo capitão-de-fragata Rui Manuel Zambujo Madeira e tem uma guarnição de 46 elementos.
